Uma vez concluídas as Avaliações, o Editor de Seção deve tomar uma decisão sobre a submissão. Para auxilar o Editor de Seção, as Avaliações estão disponíveis automaticamente em Correspondências do Editor/Autor (exceto as partes que os Avaliadores definiram como apenas para o Editor de Seção). O Editor de Seção pode editar estes comentários, identificados por letras (por exemplo, Avaliador A, etc.). O Editor de Seção deve embasar sua decisão ao Autor na Correspondência ao Editor/Autor (uma vez que o Autor não tem acesso à Decisão Editorial). O Editor de Seção pode salvar e editar estes comentários antes de enviá-los via e-mail ao autor. Cada vez que o Editor de Seção envia um e-mail ao Autor apenas os comentários atuais são enviados. O conjunto acumulado de comentários permanece disponível ao Editor de Seção e ao Autor no sistema. O Editor de Seção pode também enviar uma versão anotada da submissão, com comentários e sugestões.

Gravando a Decisão. O Editor de Seção seleciona uma Decisão dentre Aceitar, Aceitar com revisões, Submeter novamente para avaliação ou Rejeitar. O Editor de Seção pode tomar uma decisão inicial, Aceitar dependendo da Avaliação, e depois de satisfeito com a Versão Atualizada do Autor, tomar uma segunda decisão. Se o Editor de Seção selecionar Aceitar, então o próximo passo é designar uma versão da submissão para encaminhar ao Editor de Texto na página de Edição, dentre as do Editor e Autor. A versão padrão do Editor é simplesmente a Versão para Avaliação, e o Editor de Seção pode fazer mudanças nesta versão -- restaurando o nome do Autor, por exemplo -- e enviá-la para a Edição de Texto. Se o Editor de Seção selecionar Rejeitar, a submissão entrará no Arquivo, com a Situação de Recusado.

Submeter novamente para Avaliação. O Editor de Seção pode iniciar uma segunda rodada de avaliações para uma submissão. O Editor de Seção escolhe Submeter novamente para avaliação como sua decisão, e comunica o Autor via e-mail (já que o Autor não tem acesso à Decisão) e informa as alterações necessárias para submeter o artigo novamente. Quando o Autor encaminhar a versão atualizada, ela aparecerá sob Versão do Autor, e o Editor de Seção a escolhe para avaliação. Ela então se torna a Versão para Avaliação da Rodada 2 (devendo ser verificada sua conformidade com as Diretrizes para Submissão, segurança e anonimato, e se necessário, corrigida e enviada novamente como Versão para Avaliação). Os Avaliadores da Rodada 1 permanecerão, com campos limpos para seus comentários e recomendações, enquanto o histórico estará disponível em "Arrependimentos do avaliador, Cancelamentos & Rodadas Anteriores" desta submissão. O Editor de Seção pode ativar a convocação para cada Avaliador da Rodada 1 clicando sobre o ícone de e-mail sob Convocar, ou o Editor de Seção pode usar Limpar Avaliadores e selecionar outros Avaliadores para a rodada 2. A Correspondência de Editor/Autor estará disponível em "Arrependimentos do avaliador, Cancelamentos & Rodadas Anteriores" desta submissão, disponível ao Editor de Seção a qualquer tempo.